研究人员组装病原体生命之树

一个新的在线工具 - 第一个植物病原体 - 将帮助全球研究人员识别，检测和监测疫霉物种，这些物种负责植物疾病，从毁灭性的1840年代爱尔兰马铃薯饥荒到仍然困扰西海岸橡树种群的橡树突然死亡。

新的病原体“生命之树”提供了关于超过192种正式描述的物种中的每一个的大量信息 - 包括它们的进化历史和群体内的关系 - 以及30多个其他非正式描述的分类群。它还包括来自每个物种的遗传蓝图或基因组上多个位置的基因序列数据。其他重要数据包括每个物种的全球位置，宿主病原体的植物以及病原体在其植物宿主中或在其植物宿主上的位置。

“我们正在利用所有已知的疫霉物种，并使用我的同事Ignazio Carbone开发的基于树的排列选择器(T-BAS)工具包将它们放入活的'生命之树'中，”北卡罗来纳州立大学William Neal Reynolds植物病理学杰出教授Jean Ristaino说，他是PLOS ONE上一篇论文的通讯作者。 这描述了该工具。“研究人员可以将新兴的威胁物种放入开放获取树中，并观察哪些群体正在扩大和进化。

新工具将使研究人员能够实时更新植物病害信息。

“预防疾病爆发的真正关键是在爆发之前抓住信号，”北卡罗来纳州新兴植物病害和全球粮食安全集群负责人Ristaino说。“T-BAS可以作为疾病监测和找出可能出现的下一个新谱系的工具。研究人员可以查询这个数据库，这棵树将包含新物种。疫霉属或“植物破坏者”中的第一个物种于1876年被描述和命名。疫霉存在于空气、土壤和水中，可对粮食作物、观赏植物和树木造成疾病。

“自150年以来，已经确定了大约2000种新的疫霉物种，”北卡罗来纳州立大学博士生Allison Coomber说，他与该团队一起开发了该工具。

“这是一个异常大量的植物病原体物种，”里斯塔伊诺说。“许多疫霉物种具有广泛的宿主范围，因此它们可以在更广泛的区域'移动'。

Ristaino于2001年在《自然》杂志上发表了一篇论文，确定了导致爱尔兰马铃薯饥荒的疫霉菌株，他希望最终将物理地图与T-BAS数据相结合，以帮助在州或国家之间提供更好的病原体监测。

“我们已经挖掘了所有关于疫霉的已发表数据，”里斯塔伊诺说。“协作和共享数据比保密更有意义。

Ristaino补充说，疫霉T-BAS工具位于北卡罗来纳州立大学综合真菌研究中心提供的DeCIFR门户网站中，该门户网站探索真菌及其在农业，动物，环境和人类卫生系统中发挥的作用。有关访问该工具的更多信息，请访问 Ristaino Lab 网站。

Coomber是该论文的第一作者。Ristaino实验室经理Amanda Saville和北卡罗来纳州立大学综合真菌研究中心主任植物病理学教授Ignazio Carbone也共同撰写了该论文。